構造活性相関（SAR）

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SARvision（サービジョン）:骨格認識技術によるSAR解析支援

SARvisionは化学者にとって重要な仕事のひとつである構造活性相関の検討を支援するソフトウェアです。
独自のケミカルインテリジェンスエンジンにより化学構造データを骨格ごとに分類することができ、SARの検討を容易にします。
骨格は予めリストとして与える必要はなく、読み込まれた化学構造式からSARvisionのケミカルインテリジェンスエンジンにより自動的に生成されます。
骨格ベースのデータマイニングにより、化学者の感性に近い評価が行えます。スクリーニングデータの評価やリード最適化の合成戦略の立案などに力を発揮します。

SARvisionの機能

SDファイルから構造式、活性値を読み込みます
構造式群から自動的に骨格を抽出・認識、SAR的に整理されていない化学構造データを自動的に骨格ごとに分類
活性データなどでソート、絞込みが可能
活性データがある骨格を瞬時に認識
共通構造と置換基を整理しRグループテーブルを瞬時に作成
RグループテーブルをMicrosoft EXCELやWORDやへ出力しレ効率的にポートを作成
コマンドラインオプションをサポートしており、他のソフトウエアとの連携も可能

物性値（プロパティー）の計算

SARvision Plusは、基本的な物性値の計算機能を提供いたします。ADME予測やルピンスキーのRule of 5に基づく評価が手軽に行えます。

HBA:Hydrogen Bond Acceptors
HBD: Hydrogen Bond Donors
MW: Molecular Weight
PSA: Polar Surface Area
logP: Octananol/Water partition coefficient
RotBonds: number of rotatable bonds.

更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL

ChemASP:最大共通部分構造（MCS）抽出エンジン

ChemASPはメディシナルケミストの感性に近い骨格を自動抽出する、独自の最大共通部分構造（MCS：Maximum Common Substructure）アルゴリズムを搭載した解析エンジンで、大容量の化学データベースから階層型のMCSを抽出し、骨格に基づいたクラスタリングやケモタイプの同定が行えます。

１原子の置換の識別を行う詳細な抽出から、リング構造のみの抽出まで、目的に応じた骨格抽出が行えます。
抽出結果はSDファイルとして出力できる他、SAR>visionのネイティブフォーマットで出力することができます。
ChemASPはコマンドラインツールで、バッチファイルを利用した自動化やPipelin Pilotなどと組み合わせたインテグレーションが可能です。
ChemASPは大量のデータの高速処理を可能にするため、32bit版に加え、64bit版も用意されております。プラットフォームはWindowsおよび Linux (Suze またはRedhat) をサポートしております。

MCS抽出パラメータの設定例

Strict Match = 0; # set this to 0 Partial Resonance = 1; # set this to 1. BuildAll = 1; # Build all layers Minimum Threshold = 3;# smallest family Sampling Size = 100; # dataset sampling Delete Trivial = 1; # no trivial ID Relevant Chains = 1; # acyclic fragments Atom By Atom = 0; # build atom by atom SimplifiedRingsOnly = 0; Name Scaffolds = 1; # Autoname scaffolds Name Scaffolds(uniquely) = 0; #Name Field = "ID"; # Name Field for sdf InputSDF = "./LibraryExample.sdf"; Name Field = "MID";

更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL

SARvisionPlus（サービジョンプラス）

大容量データーの詳細な骨格ツリーを生成するSARvision+PLUS

SARvision Plusは、25万化合物迄の化学構造式郡から骨格を自動的に抽出し、フィルタリングやレポート作成などが可能なパワフルなツールです。

大容量化合物データが取扱えるので、ライブラリの評価などにも利用可能です。 SARvision Plusは通常のSAR>visionの機能加え機能に加えて、以下の機能を提供致します。

SAR>vision+PLUSのアドバンテージ

大容量データの詳細な骨格抽出・マイニング操作が可能

大量化合物を処理できるだけでなく、１）任意の属性値を有する化合物についてのみ骨格を抽出する、２）任意の部分構造（複数可）を有する化合物だけを対象として処理する、３）サンプリング等により、高速処理が実現可能です。

骨格の操作

SARvision Plusは、骨格の絞込機能やフォルダを用いた骨格の整理が行えます。

骨格のリングサイズの範囲、骨格を構成するアトムの数などによる骨格の絞込
ドラッグ＆ドロップによる骨格のマージ
ドラッグ＆ドロップによる骨格の移動
フォルダを用いた骨格の整理
フォルダー間の論理演算

動作環境

OS：Windows Vista、Windows XP、Windows 2000
推奨メモリー容量： 1GB以上
データ取込：SD file、MOL file
構造式編集：ChemDraw (CambridgeSoft)、ISIS/Draw (MDL Information Systems)とのインターフェイス
レポート出力：Microsoft Word、EXCELとのインターフェイス
データ出力：SD file

更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL

ChemSABRE :官能基置換パターン解析ツール

ChemSABRE（ケム・セーバー）は構造活性相関（SAR)における置換基の置き換えパターンを解析する為に開発されたデスクトップアプリケーションです。R×Rグループ表を表示し、各セルに任意のプロパティー値（あるいはそれらの統計値）に基づく着色を行いヒートマップ（heatmap）が作成できます。

また、その表から化合物が存在しないポジションの全ての構造を自動的に発生 (hole enumeration).させることができます。

ChemSABREにはバイオアイソステリックな置換基（bioisosteric replacements）として報告されたフラグメント、およびsteric,entropic,electronic propertiesに基づき選択された計算に基づくフラグメントのデータベースが付属します。テーブル上の任意の置換基上でマウス操作をするだけでそのフラグメントに対するバイオアイソステリックな置換基の一覧を表示することができ、構造展開のイマジネーションを活性化することができます。