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ChemASP:最大共通部分構造（MCS）抽出エンジン
ChemASPはメディシナルケミストの感性に近い骨格を自動抽出する、独自の最大共通部分構造（MCS：Maximum Common Substructure）アルゴリズムを搭載した解析エンジンで、大容量の化学データベースから階層型のMCSを抽出し、骨格に基づいたクラスタリングやケモタイプの同定が行えます。
- １原子の置換の識別を行う詳細な抽出から、リング構造のみの抽出まで、目的に応じた骨格抽出が行えます。
- 抽出結果はSDファイルとして出力できる他、SAR>visionのネイティブフォーマットで出力することができます。
- ChemASPはコマンドラインツールで、バッチファイルを利用した自動化やPipelin Pilotなどと組み合わせたインテグレーションが可能です。
- ChemASPは大量のデータの高速処理を可能にするため、32bit版に加え、64bit版も用意されております。プラットフォームはWindowsおよび Linux (Suze またはRedhat) をサポートしております。
MCS抽出パラメータの設定例
Strict Match = 0; # set this to 0
Partial Resonance = 1; # set this to 1.
BuildAll = 1; # Build all layers Minimum Threshold = 3;# smallest family
Sampling Size = 100; # dataset sampling
Delete Trivial = 1; # no trivial
ID Relevant Chains = 1; # acyclic fragments
Atom By Atom = 0; # build atom by atom
SimplifiedRingsOnly = 0; Name Scaffolds = 1; # Autoname scaffolds Name Scaffolds(uniquely) = 0;
#Name Field = "ID"; # Name Field for sdf InputSDF = "./LibraryExample.sdf";
Name Field = "MID";
更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL
